蛋白质工程的核心流程和操作对象
1.蛋白质工程的核心流程：预期蛋白质功能–设计预期的蛋白质–推测应有的氨基酸序列–找到对应的脱氧核苷酸序列
2.蛋白质工程的操作对象：基因
3.蛋白质工程是对现有蛋白质的改造或制造新的蛋白质，需要通过基因的修饰或基因的合成。

蛋白质工程的基本流程简述如下：筛选纯化需要改造的目的蛋白，研究其特性常数等；制备结晶，并通过氨基酸测序、X射线晶体衍射分析、核磁共振分析等研究，获得蛋白质结构与功能相关的数据；结合生物信息学的方法对蛋白质的改造进行分析；由氨基酸序列及其化学结构预测蛋白质的空间结构，确定蛋白质结构与功能的关系，进而从中找出可以修饰的位点和可能的途径；根据氨基酸序列设计核酸引物或探针，并从cDNA文库中获取编码该蛋白的基因序列；在基因改造方案设计的基础上，对编码蛋白质的基因序列进行改造，并在不同的表达系统中表达；分离纯化表达产物，并对表达产物的结构和功能进行检测等。
如何用氨基酸序列设计引物啊，设计好的引物如何评判，可以与相应的核酸序列作对比以改进吗？
首先你得氨基酸序列是不是已知蛋白的序列，也就是在GENE BANK里能不能找到你的氨基酸对应的蛋白，如果知道是什么蛋白，那么就用该蛋白对应的DNA序列设计引物，设计引物可以用Primer软件，至于引物的评分可以参照软件给出的一些参数，比如是否有DIMER形成，TM值，有无错配等等。选择评分比较高的引物，进行合成，然后PCR扩展试试，看看目的条带能不能出来，事实说话，扩得出来且没有杂带就是好的引物。
如果，你的氨基酸序列是未知蛋白的序列，那么你就得麻烦点了：1.从氨基酸序列中选择氨基酸对应密码子种类比较少的一段设计引物.2.考虑到密码子偏好性，如同一氨基酸的密码子，在不同物种中对某种密码子偏好。3.如果某个氨基酸的密码子有四种可能，那就在引物中使用I。4.为了降低引物的兼并性，提高PCR反应的特异性，设计多条引物分别扩增。5.设计一条兼并引物以后，另一条引物可以使用oligodT，如果要做5‘RACE，可以考虑使用clotech的SMART cDNA amplification Kit。
如果还有什么疑问在留言吧。希望好运
设计引物的时候，我比对氨基酸序列，由于保守性很高，老师让我用核苷酸序列比对。
要设计简并引物是么？
最好还是使用CDS序列来做比对，然后根据保守区设计简并引物，CDS两端的非翻译区在物种间变化太大，不适合设计引物。
把获得各个物种的CDS做成fasta格式的，序列最好处理成纯序列格式的不含其它任何字符。然后用比对软件比对一下，如mega，DNAman或者是vector NTI里的比对工具都可以做比对。
在比对结果里找到非常保守的区域就可以设计简并引物了。
设计的简并引物可以根据经验公式自个算Tm值。不用计较打分的问题。因为你只能在保守区设计引物。
图是做的DNA序列比对，有保守区和不保守区。我觉得，引物的3’端最好位于最保守的区域。
如果起始密码子ATG出现在引物的3′端可以吗？根据已知的N端氨基酸序列设计引物其中M只能译为ATG，还在最后
这个应该可以的啊，只要你这个ATG前面，也就是引物的5‘端还是有ATG存在，并且有Kozac序列，应该不会在后面的那个ATG起始翻译的。
PCR引物设计怎么加氨基酸?
一般直接在引物的5‘端加入编码该氨基酸的密码子序列，当然也可以在引物中间加入少量突变，只是不要在引物的3’端的前5个碱基引入突变
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