科属不同：小叶黄杨为黄杨属常绿灌木，大叶黄杨为卫矛属灌木。
别称不同：小叶黄杨别称瓜子黄杨，大叶黄杨别称长叶黄杨。
习性不同：小叶黄杨忌酸性土壤，大叶黄杨酸性土也能适应。
形态不同：小叶黄杨高2米，大叶黄杨高达3米。
功效不同：小叶黄杨具有祛风湿等症状，大叶黄杨具有调经止痛的功效。
一、科属不同
1、小叶黄杨
小叶黄杨为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、原始花被亚纲、无患子目、黄杨亚目、黄杨科、黄杨属常绿灌木或小乔木。
2、大叶黄杨
大叶黄杨为植物界、被子植物门、双子叶植物纲、原始花被亚纲、无患子目、卫矛亚目、卫矛科、卫矛亚科、卫矛族、卫矛属灌木。
二、别称不同
1、小叶黄杨
小叶黄杨别称瓜子黄杨，主要产地为中国安徽、浙江、江西和湖北。
2、大叶黄杨
大叶黄杨别称长叶黄杨、冬青卫矛、正木、扶芳树、四季青、七里香、日本卫矛等，中国南北各省区都有栽培。
三、习性不同
1、小叶黄杨
小叶黄杨性喜肥沃湿润土壤，忌酸性土壤，抗逆性强，耐水肥，抗污染，能吸收空气中二氧化硫等有毒气体，有耐寒、耐盐碱、抗病虫害等特性。
2、大叶黄杨
大叶黄杨喜光耐阴，要求温暖湿润的气候和肥沃的土壤，酸性土、中性土或微碱性土均适应，萌发性强，适应性强，耐寒，耐干旱瘠薄，耐修剪整形。
四、形态不同
1、小叶黄杨
（1）小叶黄杨为灌木，高2米，茎枝四棱，光滑，密集，小枝节间长3-5毫米，叶小，对生，革质，椭圆形或倒卵形，长1-2厘米，先端圆钝，有时微凹，基部楔形。
（2）最宽处在中部或中部以上，有短柄，表面暗绿色，背面黄绿，表面有柔毛，背面无毛，二面均光亮，花多在枝顶簇生，花淡黄绿色，没有花瓣，有香气。
2、大叶黄杨
（1）大叶黄杨为灌木，高达3米，小枝四棱，具细微皱突，叶革质，有光泽，倒卵形或椭圆形，聚伞花序5-12花，花序梗长2-5厘米，2-3次分枝。
（2）蒴果近球状，直径约8毫米，淡红色，种子每室1，顶生，椭圆状，长约6毫米，直径约4毫米，假种皮桔红色，全包种子，花期6-7月，果熟期9-10月。
五、功效不同
1、小叶黄杨
（1）小叶黄杨的药用部位为根、枝、叶，味苦，性平。
（2）具有祛风湿、理气止痛、清热解毒的功效，用于风湿痹痛、牙痛、胸腹气胀、疝痛、跌打损伤、热疖等症。
2、大叶黄杨
（1）大叶黄杨的药用部位为根，味苦、辛，性温。
（2）具有调经止痛的功效，用于月经不调、痛经、跌打损伤、骨折、小便淋痛等症。
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