对于从事水产养殖的养殖户来说，蓝藻问题是养殖过程中面临的难点问题，蓝藻危害性极大，如果不能及时就会对整个水产养殖产生严重的威胁。尤其是在水体受到污染、水体富营养化以及水体中氮磷比例不协调等都可能会导致蓝藻爆发。
蓝藻对水产养殖的危害
蓝藻大量繁殖会阻碍水体中的氧气流动，导致溶解氧减少。如果池塘中蓝藻数量较多，就会导致水面被蓝藻大量覆盖，空气中的氧气不能融进水中，造成池塘缺氧。夜间蓝藻生存还会消耗水体中大量的溶解氧，造成鱼类不能呼吸从而威胁养殖安全。
其次如果池塘中蓝藻占据主动优势，不仅会影响整个池塘环境，而且蓝藻大面积繁殖还会导致池塘藻类种类单一，同时也会影响其他藻类生存，不利于池塘培育和形成更多有益藻以及其他生物等。
蓝藻还会产生有毒有害物质影响养殖生物的生存。蓝藻会产生含有胺类化合物的外毒素，对鱼类新陈代谢产生阻碍导致快速死亡，并且很难采取有效措施进行救治。此外如果蓝藻大面积死亡，也会产生早速度、硫化氢等有毒有害物质。
如何降低蓝藻对水产养殖的危害
一、生物方法
1、放养滤食性鱼类
在池塘中放养一定数量的白鲢、花鲢、白鲫等滤食性鱼类，有助于延缓、阻碍蓝藻生长。
2、使用微生态制剂
使用芽孢杆菌（渔有福水净灵）、乳酸菌（水乳益）等微生态制剂来降解池塘中过多的有机质，这些微生态制剂和蓝藻竞争生态空间，从而稳定水体，促进绿藻等有益藻的生长。
3、引进优良藻种
小球藻是优良藻种，也是在养殖过程中最常见最有效的产品。渔有福藻益生能快速补充藻种，使小球藻在养殖水体中形成优势种群，抑制有害藻类，保持水体良好藻相。配合使用E能净，可吸收利用养殖水体中的氨氮、亚硝酸盐等有害物质，增加水体溶氧，优化池塘水体环境。
4、使用生物控藻产品
蓝藻爆发时很难处理，特别是满塘爆发的情况，建议最好在蓝藻问题的高发期定期使用【蓝卫士】提前预防，或出现少量蓝藻就及时控制。蓝卫士能消除水体富营养化，改善水质，提高水体透明度，促进有益藻类的生长繁殖。调节水质，降低因蓝藻爆发引起升高的pH、氨氮、亚硝酸盐等水体指标，保持水体“肥、活、嫩、爽”。
二、物理除藻
1、人工打捞
人工打捞是控制蓝藻最直接的方式，能有效减轻局部危害，在打捞蓝藻的同时能起到输出营养物的作用，减轻蓝藻死亡分解引起的藻毒素的污染。但人工打捞手段落后，时间有限，导致效率低，费用高。
2、彻底清塘
彻底清塘消毒能有效杀灭蓝藻，降低藻种数量，避免蓝藻大规模的爆发。其次加注不带蓝藻的新鲜水，对控制蓝藻也有积极的意义。
3、活性炭吸附
使用活性炭吸附，对藻类、藻毒素的去除效果很好，但是水体中的有机物会影响活性炭的吸附活性，在大面积范围内使用很难回收再生，处理成本高。
三、化学方法
选择性施肥
低氮磷比，有利于蓝藻进行固氮作用，高氮磷比则有利于绿藻繁殖。氮磷比接近或等于16:1时，能有效控制固氮蓝藻的爆发。
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