已知氨基酸序列号查找氨基酸序列
生物学家劳伦斯·赫斯特和斯蒂芬·弗里兰在20世纪90年代末把天然基因密码和计算机随机产生的几百万组密码拿去比对，结果轰动一时。他们想知道，如果发生点突变这种把一个字母换掉的变异，哪一套密码系统能保留最多正确的氨基酸，或将它代换成另一个性质相似的氨基酸。
结果他们发现，天然的基因密码最经得起突变的考验。点突变常常不会影响氨基酸序列，而如果突变真的改变了氨基酸，也会由另一个物理特性相似的氨基酸来取代。据此，赫斯特与弗里兰宣称，天然的遗传密码比成千上万套随机产生的密码要优良得多。它不但不是大自然密码学家愚蠢而盲目的作品，而是万里挑一的密码系统。
天然的三联基因密码的第一个字母都有特定的对应方式。举例来说，所有以丙酮酸为前体合成的氨基酸，它们密码的第一个字母都是T。所有由α-酮戊二酸所合成的氨基酸，其三联密码第一个字母都是C；所有由草酰乙酸合成的氨基酸，第一个字母都是A；最后，几种简单前体通过单一步骤所合成的氨基酸，第一个字母都是G。
三联密码的第二个字母和氨基酸是否容易溶于水有关，或者说和氨基酸的疏水性有关。亲水性氨基酸会溶于水，疏水性氨基酸不会溶于水，但会溶在脂肪或油里，比如溶在含有脂质的细胞膜里。所有的氨基酸，可以从“非常疏水”到“非常亲水”排列成一张图谱，而正是这张图谱决定了氨基酸与第二个密码字母之间的关系。疏水性最强的六个氨基酸里有五个，第二个字母都是T，所有亲水性最强的氨基酸第二个字母都是A。介于中间的有些是G有些是C。
三联密码的第三个字母不含任何信息，不管接上哪一个字母都没关系，这组密码子都会翻译出一样的氨基酸。以甘氨酸为例，它的密码子是GGG，但是最后一个G可以代换成T、A或C。
第三个字母的随机性暗示了一些有趣的事情。二联密码可以编码16种氨基酸。如果我们从20个氨基酸里拿掉5个结构最复杂的（剩下15个氨基酸，再加上一个终止密码子）这样前两个字母与这15个氨基酸特性之间的关联就更明显了。因此，最原始的密码可能只是二联密码，后来才靠“密码子捕捉”的方式成为三联密码，也就是各氨基酸彼此竞争第三个字母。
第一个字母和氨基酸前体之间的关系直截了当，第二个字母和氨基酸的疏水性相关，第三个字母可以随机选择。这套密码系统除了可以忍受突变，还可以降低灾难发生时造成的损失，同时可以加快进化的脚步。因为如果突变不是灾难性的，那应该会带来更多的好处。
nc数据可视化
1，ORF简介
开放阅读框（Open Reading Frame，ORF）从起始密码子开始，到终止密码子结束的连续碱基序列，具有蛋白质编码潜能。由于密码子（codon）读写起始位点的不同，mRNA序列可能按照6种ORF阅读和翻译。如图1所示，对于序列1，可以从A开始读，也可以从T开始读，也可以从G开始读，因此一条序列上就有3种读码方式。同样的，互补链上也有3种，共6种ORF阅读方式。理论上，6种读码框都有“开放”的可能，但是现实世界中，生物体一般会使用不多于2个“开放读码框”。
图1. 6种读码框示意图
2，NCBI ORFfinder
ORF识别是确定哪种开放阅读框对应真正的多肽编码序列的过程。NCBI ORFfinder为最常用的ORF预测在线工具，使用也非常简单。
2.1，打开NCBI ORFfinder网站
在浏览器中输入网站：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/orffinder/
图2. NCBI ORFfinder
2.2，粘贴序列并选择参数
Fasta格式文件是存储核酸或者蛋白质序列的一种标准格式。是以大于号“>”开头，后边接序列名字为第一行，其余行为序列的一种标准序列存储文件格式。如图所示：
图3. Fasta格式序列
这个文件中包含两条序列，一条是seq1，一条是seq2。
进行ORFfinder预测时，我们要将fasta格式的序列拷贝粘贴到输入框中（一次一条）。
这里我们粘贴来自lncipedia（https://lncipedia.org/，lncRNA百科全书网站）的一条lncRNA序列PITPNM2-AS1:6进行预测。然后选择参数（一般默认）。最后点击提交按钮，等候几秒钟后会出现结果。
图4. NCBI ORFfinder序列提交及参数选择
2.3，结果查看
结果包括：
1，预测的ORFs
2，6种读码框（需要点击Six-frame translation处按钮才显示）
3，每个预测的ORF所处的读码框、坐标及长度（核苷酸|氨基酸），可以下载查看具体核酸序列及氨基酸序列等
4，对应的氨基酸序列，可以进行blast等操作
图5. NCBI ORFfinder结果
然而，相较于旧版ORFfinder（图5），新版NCBI ORFfinder的结果不好在论文中展示。苦寻无果后，我们参考文献中旧版ORFfinder的样式，开发了在线ORFfinder结果可视化功能。
图6. 旧版NCBI ORFfinder结果
3，ORFfinder在线可视化（仿旧版）
3.1，打开绘图页面
微生信-在线NCBI ORFfinder结果可视化 (bioinformatics.com.cn)
图7. ORFfinder可视化页面
3.2，拷贝示例数据
下载示例数据，该模块的输入为第一个sheet的内容。
（可以将第2个sheet的序列提交到NCBI ORFfinder，默认参数，获得sheet1的内容）。
图8. 输入数据示例
第一列为ORF的名字（label），第二列为链（Strand），第三列为读码框编号（Frame），第4、5列为ORF的起始和终止坐标，第6列为长度，包括核酸和蛋白的长度。
3.3，粘贴示例数据
必需输入包括两个：1，orffinder的结果，2，序列总长度（可由NCBI ORFfinder结果中查到）
图9. 必需输入
3.4，修改参数，并提交
图10. 颜色等参数
开放了图片尺寸，ORF颜色，最长ORF颜色等参数，以满足不同的绘图需求。
3.5，提交出图
结交约3秒后，在页面右侧出现结果预览图，其中最长ORF用紫红色标注。我们提供了4种图片格式供下载使用，两种矢量图（pdf，svg）和两种标量图（600 dpi tiff和300 dpi png）。
图11. 仿ORFfinder旧版可视化结果
注意：旧版中坐标小的在左侧，大的在右侧，跟新版略有不同。这里使用的左侧小，右侧大的排序方式。
没有预览就是没有出图，这时请参考示例数据，检查输入数据格式！
遇到文字截断，需要修改字体、调整字体大小等，使用scape 软件。
NCBI ORFfinder结果在线可视化,nc数据可视化
四种DNA字母要编码20种氨基酸。绝不可能是一对一编码，也不可能是二对一编码，因为两个字母最多只能组成16种组合（4×4）。因此，最低要求是三个字母，也就是DNA序列里面最少要有三个字母对应到一个氨基酸，被称为三联密码，后来被克里克和西德尼·布伦纳证实。
但是这样看起来似乎很浪费，因为用四种字母组成三联密码，总共可以有64种组合（4×4×4），这样应该可以编码64个不同的氨基酸，那为什么只有20种氨基酸呢？一定有一个神奇的答案来解释为什么4种字母，3个一组，拼成64个单词，然后编码20种氨基酸。
1952年，沃森就曾写信告诉克里克：“DNA合成信使RNA（mRNA）， mRNA合成蛋白质。”克里克开始研究这一小段mRNA的字母序列，如何翻译成蛋白质里面的氨基酸序列。他认为mRNA可能需要一系列“适配器”来帮助完成翻译，每一个适配器都负责携带一个氨基酸。当然每一个适配器一定也是RNA，而且都带有一段“反密码子”序列，这样才能和mRNA序列上的密码子配对。
适配器分子也由RNA分子组成。它们现在叫作“转运RNA”或tRNA。现在整个工程变得有点像乐高积木，一块块积木接上来又掉下去，一切顺利的话，它们就会这样一个接一个地搭成精彩万分的聚合物。
随着实验技术进步而且越来越精密，在20世纪60年代中期许多实验室陆续解开了序列密码。然而经过一连串不懈的译码工作后，大自然却好像随兴地给了个潦草结尾，让人既困惑又扫兴。遗传密码子的安排一点也不具创意，只不过“简并”了（意思就是说，冗余）。有三种氨基酸可对应六组密码子，其他的则各对应一到两组密码子。每组密码子都有意义，还有三组的意思是“在此停止”，剩下的每一组都对应一个氨基酸。这看起来既没规则也不美，根本就是“美是科学真理的指南”这句话的最佳反证。甚至，我们也找不出任何结构上的原因来解释密码排列，不同的氨基酸与其对应的密码之间似乎并没有任何物理或化学的关联。
克里克称这套让人失望的密码系统为“冻结的偶然”，而大部分人也只能点头同意。他说这个结果是冻结的，因为任何解冻（试图去改变密码对应的氨基酸）都会造成严重的后果。一个点突变也许只会改变几个氨基酸，而改变密码系统本身却会从上到下造成天大灾难。就好似前者只是一本书里无心的笔误，并不会改变整本书的意义，然而后者却将全部的字母转换成毫无意义的乱码。克里克说，密码一旦被刻印在石板上，任何想改动它的企图都会被处以死刑。这个观点至今仍有许多生物学家认同。
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