山楂品种间耐藏性不同，山东大金星、敞口、歪把子红等耐贮藏，可贮藏到翌年的3月～4月份，而辽宁金星红山楂只能贮藏一个月左右。用于贮藏的山楂应在果实充分成熟的前几天采收，此时果皮完全转红，果点明显，果面有果粉和蜡质，涩味基本消失。
（１）传统土法贮藏。较普遍的为埋藏法和沟藏法。埋藏：在背阴处挖直径为67厘米、深1米的圆坑，坑底铺16厘米厚的干净河砂，将果实倒在砂上，铺厚约34厘米为一层，上盖4厘米厚的细砂，再放第二层果，厚度也为34厘米左右，上盖8厘米厚细砂，以后随着降温加厚细砂覆盖层，最后略高于地面。细砂要有一定的湿度，即手握成团但挤不出水为宜，此法可贮藏到翌年的4月～5月份。沟藏：又分为半地下沟贮藏和地下沟贮藏。均要求选干燥阴凉处挖深34厘米（半地下）或67厘米（地下）、宽67厘米的沟，长度不限。沟底及四周铺上用石灰水或其它消毒液浸泡过又晾干的树叶，将山楂果实轻倒上面，顶部堆成圆弧形，使弧尖高于地面，上铺6厘米～10厘米厚的树叶，再盖草席或稻草。贮期要注意保湿和防热（冻），霜降后要逐步增加上面覆盖物厚度，沟内温度应保持在0℃～2℃，一般贮5个月～6个月。
（２）简易气调贮藏。需要有温度较合适的冷库（窖）做保证。产地一般采用改良式通风库或冷凉库进行。用厚0.08毫米聚乙烯薄膜做成的硅窗袋，或用0.03毫米～0.05毫米厚聚乙烯薄膜制成普通袋，贮藏期保持果温0℃～―2℃，袋内湿度90％左右，通过果实自发气调保持袋内适宜气体成分，当袋内氧气低于2％，二氧化碳低于5％时，要开袋放气，如果袋内放25：1（果重：高锰酸钾载体）的乙烯吸收剂做保鲜剂，可进一步延长贮藏期，此法果实失水少、硬度大，营养成分损失少，加工及食用品质好，贮期可达6个月以上。
（３）碳分子筛气调贮藏。用厚约0.02毫米的高压聚氯乙烯薄膜粘合成2.5×1.5×4米的塑料大帐。果实放入周转箱或筐中入塑料大帐中，进行碳分子筛气调贮藏。并利用调整开、关技术，把气体成分控制在氧气3％～5％，二氧化碳小于2％于0℃～0.5℃下贮藏，利用此法贮藏7个月，其好果率达95％以上。
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