苹果树实施矮化栽培具有早果优质省工的优点，是现代苹果产业发展的主流和方向。但在栽培管理中存在很多问题需要解决。
一、密度不合理矮化苹果树的产量是靠群体效应增长的，在单位面积内，必须保证有足够的株数。然而一些果园设计比较盲目，多采用栽植乔化树的稀植方法，降低了土地的有效率，不能充分发挥矮化苹果树的优势，产量和效益都上不去。
二、定干过低矮化苹果树的特点是树体矮小，单株树占地面积小。在实际生产中，一些栽培者过于强调树的矮化作用，存在“树越矮越好”的错误思想，往往定干过低（30-40厘米）。挂果后下层枝条极易接地，造成果面不洁，污染严重，果品质量下降；通风透光条件恶化，果实不易着色，叶片薄，光合作用能力降低，花芽分化不良，产量低而不稳；树下管理作业困难，经济效益降低。
三、修剪不当苹果矮化栽培中普遍存在只重视冬剪不重视夏剪的问题。冬剪时又往往修剪过重，短截较多，造成当年生枝条萌发过多，树形紊乱，不仅影响通风透光，而且使生殖生长和营养生长失调，养分积累减少，产量下降。
四、负载过重矮化苹果树在年生长周期中，新梢往往生长较短，而且停止生长时间较早，大多数品种一般不生长二次枝，树体内营养物质积累较多，花芽分化所需要的养分供应充足。所以，每条枝上都能形成众多的花芽，来年满树果实，如果不进行合理调控，势必造成树体负载过大，树势转弱。
五、肥水不足矮化苹果树一般根系较浅，对肥水要求比较严格，特别是盛果期需要大量养分，如果不能及时补充肥水，易造成树体内营养物质积累不足，树势极易衰弱，第2年往往长势不旺，甚至死亡。还有一些果园施肥单一，一味强调追施尿素等氮肥，造成氮肥过量，树体贪长，花芽形成较少，来年产量不高，或致使一些树在整个冬季不落叶，因树体内营养物质积累不足而受冻，或发生枝条抽干，给今后的生产管理带来许多不良影响。
六、树势早衰矮化苹果园一般栽植密度大，光照条件不如乔化园，如果各种管理措施运用不当，树势很容易衰弱。
七、树体差异大由于定植前后浇水不足、整地质量不高、苗木质量较差、栽后保墒措施不当等原因，致使栽植成活率不高，加之补植前没有留同等大小的预备苗，导致以后每年用当年出圃苗补植，造成园内果树常出现树龄、树体大小不一，老少几辈，有的树已是果实满枝头，有的还是幼龄树，有的已形成“小老树”，品种杂乱，产量不高，这对单位面积产量和经济收入影响很大。
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