种薯如何安全贮藏，目前也是需要结合多项管理措施来完成：
一是因地制宜选择贮藏窖。常用的有井窖、棚窖、崖头窖和永久大窖，只要将窖管理好，都能安全贮藏。
二是做好入窖工作。入窖前，旧窖要清扫消毒，井窖、崖头窖要刮去一层田土，也可用硫磺点燃后盖严窖口、气眼熏蒸消毒(1立方米用硫磺100克)，入窖时轻拿轻放堆放整齐，贮量一般占薯窖空间2/3为宜。
三是保证贮藏的适宜温度。一般入窖初期温度可能高些，应开窖口和气眼，散热排湿，待窖温基本稳定在14℃―15℃时适时关闭窖口、气眼，防窖温急剧下降。在贮藏中期，为保证窖温不低于10℃，除关窖门及气眼外，还可加厚窖顶盖土或垛草，薯堆上也可盖草，薯堆外垛草墙、窖旁设置挡风障等。贮藏后期天气转暖，也要注意寒流。
四是防止贮藏期湿窖。窖内湿度过大，若保暖不好，常会产生凝结的气流水附在薯块表面，引起烂窖。防止方法是在薯堆上盖一层草或草苫吸水汽，草湿了可再换干的。
五是适当通风，防止闷窖腐烂。这种现象多发生在深井窖，在封窖早、装得满、窖温高、薯块破伤多的情况下发生。要注意在晴暖天气适当打开窖口通风，防止闷窖腐烂。
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