危害较大的肥料主要包括以下几类：
易发生肥害的肥料
过磷酸钙、尿素、碳酸氢铵、石灰氮：这些肥料在施用底肥时，严禁接触种子和秧苗的根系，否则会导致烧种烧苗、缺苗断苗现象，甚至秧苗僵苗。如果使用浓度过大，还会对作物造成进一步的伤害。
过多使用单一化肥
单一氮肥：过多使用氮肥会导致作物体内亚硝酸超标，引起作物中毒，表现为叶片变黄、掉落，根系腐烂。
未腐熟的有机肥料
垃圾肥、未腐熟的人粪尿、未腐熟的饼肥：这些肥料含有大量致病微生物和寄生性蛔虫卵，未经腐熟直接使用会造成作物和土壤的污染，甚至引发烧苗和气害。
含有有害离子的肥料
氯化铵、氯化钾：含有大量的氯离子，施入土壤后可能会烧种烧苗。
硝酸铵、硝酸钾：含有硝酸根离子，对种子发芽有严重影响，不宜用作种肥。
含有毒物质的肥料
尿素：含有1%左右的缩二脲，对种子和幼苗会产生毒害作用，高氮尿素还会使蛋白质变性，对种子和幼根产生毒害。
碳酸氢铵：具有挥发性和腐蚀性，易熏伤种子和幼苗。
石灰氮：在土壤中转化分解过程中产生有毒物质，毒害作物根部。
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