制作基质肥料的方法有多种，以下提供几种常见的制作方式：
使用植物油渣饼、淀粉类、葡萄糖和锌肥
将植物油渣饼100~200kg、淀粉类20~40kg、葡萄糖100~200g、锌肥1~5kg混合。
在饱和水分、25℃~35℃起始温度、PH值约为7的条件下，接种50~100g红霉菌扩培剂，先行发酵7天左右。
在上述先行发酵的糊状发酵物上，接种混合酵素菌扩培剂0.20~1.2kg，在堆温45℃~55℃条件下，培殖3天左右，然后干燥。
使用牛粪、菌棒、甘蔗渣等农业废弃物
将牛粪、菌棒、甘蔗渣等原料加水，到手握成团不滴水的程度。
加入尿素（例如，一方牛粪加20斤尿素）和生物菌，加水溶解后与原料混合均匀。
堆积在一起，一般高度在一米左右，上部覆盖一层塑料膜，防止雨淋，四周保持透气。
发酵温度升高后，需翻动原料，基本上升温后，20天左右发酵完成。
使用泥炭土、草炭、田土、黄泥土等育苗基质和粉状有机肥
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