氨基酸的结构特点
【#ARK Invest#?科技洞察:DeepMind的AlphaFold开创了计算生物学的新时代】
蛋白质是地球上所有生命所必需的。它们由成百上千个相连的亚单位组成,称为氨基酸。每一种氨基酸的大小、形状和电荷都是独一无二的,当蛋白质链固定到一个舒适的位置时,它会使蛋白质在三维空间中扭曲和扭曲。由此产生的结构决定了蛋白质的功能。例如,在红血球中发现的一种蛋白质,血红蛋白有一个与氧气(O2)结合的凹槽,将氧气输送到全身。
传统上,科学家使用像x射线晶体学这样的成像技术来确定蛋白质结构。1972年,化学家克里斯蒂安·安芬森提出蛋白质的氨基酸序列决定了它的三维结构。从那时起,为了避免实验的高成本,研究人员试图用强力计算来“模拟”蛋白质结构,但这种计算并未削减蛋白质结构。
1994年,John Moult和Krzysztof Fidelis教授创立了蛋白质结构预测技术的关键评估(Critical Assessment of technologies for Protein Structure Prediction,CASP),这是一项两年一次的蛋白质折叠方法评估。直到2018年,Alphabet(GOOGL)的人工智能(AI)研究子公司DeepMind用一种称为AlphaFold的基于神经网络(NN)的算法让财团大吃一惊,直到2018年。
而DeepMind用AlphaFold震惊了世界,AlphaFold是一种能够预测蛋白质结构的算法,与当代实验方法相当。CASP财团认为准确度得分高于90 GDT1是可行的解决方案。AlphaFold的平均得分为92.4 GDT。
在ARK看来,AlphaFold是一个极大的突破,原因有二。
首先,神经网络训练集不包括专有数据,只有一个免费的公共数据库中已知的约170000个蛋白质结构。
其次,根据ARK的估计,DeepMind只花了20000美元就训练出了AlphaFold,展示了新的NN架构与计算生物学领域的深层专业知识相结合的强大功能。
虽然AlphaFold似乎有望在药物发现、蛋白质工程和基础生物学方面取得重大突破,但其预测蛋白质的准确性可能存在局限性,与模型训练集中的蛋白质不同。期待DeepMind在其即将发表的关于AlphaFold的论文中对这一潜在弱点进行讨论。
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新纪录!西湖大学利用氨基酸实现高储能
◎ 通讯员 徐珊 科技日报记者 刘园园
为满足人类能源需求,发展清洁的可再生能源已是大势所趋。而高效地利用可再生能源,又依赖储能技术的发展。
记者1月20日从西湖大学了解到,西湖大学理学院特聘研究员王盼课题组及其合作团队利用氨基酸发展了新型仿生设计水溶性吩嗪类化合物,赋予水系有机液流电池体系极低的电池容量衰减。
该研究提供了一种新型高稳定性水系有机分子结构骨架设计策略,为进一步设计构建高性能水系液流电池提供了重要理论依据。这一最新成果日前作为封面文章发表于《德国应用化学》期刊。

水系有机液流电池,发展新趋势
“作为液流电池的一种,水系有机液流电池使用水作为介质,是具有较高安全性的储能系统。” 王盼说,液流电池可以将电能转化为化学能进行储存,它通过活性物质在电极表面发生氧化还原反应来储存和释放能量。

西湖大学理学院特聘研究员王盼(第二排右一)及其团队
研究人员介绍,水系有机液流电池的活性材料,来源于自然中储量丰富的碳、氮、氧等元素,这些元素在分子结构上可编辑可调节,能够通过有机官能团得失电子的氧化还原行为,完成化学能与电能的相互转化。
而有机分子中的多电子转移及其多样的可设计性,赋予了水系有机液流电池独特灵活的优势,使之成为液流电池发展的新趋势。
“在水系液流电池领域,一系列基于蒽醌、紫罗碱、二茂铁、氮杂芳环等有机结构骨架的分子,已展现了较为良好的性能和应用前景。” 王盼说,然而,目前绝大部分研究工作都是基于商业可得的已知功能染料分子;基于吩嗪类有机结构骨架的衍生物,在前序报道中仅有几个例子,均存在水溶性差和不稳定等问题,且该类化合物衰减机理尚不明确。

氨基酸功能化吩嗪衍生物(AFP)的合成
年衰减0.5%,水系有机液流电池新纪录
为改进现状,西湖大学研究人员将目光投向自然界来源广泛的氨基酸。
该课题组将氨基酸作为功能化基团引入吩嗪骨架,利用氨基酸的水溶性特点及给电子特性,合成了一系列水溶性吩嗪类衍生物(AFP)。之后,研究人员系统地探究了“AFP家族”不同成员——即不同支链及不同位置的氨基酸——对水系液流电池性能的影响。
“简版”水系液流电池系统
“研究表明,1,6-AFP具有稳定的氧化态和还原态;1,8-AFP、2,7-AFP同样具有稳定的氧化态,但其还原态易于发生氢的互变异构,失去氧化还原活性并进一步降解,在电池测试中其容量迅速衰减。”王盼介绍。
课题组还对该类化合物的衰减机制做了详尽分析。研究发现,明星分子1,6-AFP在pH8,1M电子浓度下,在水系液流电池长时间的恒压充放循环过程中表现优异。

1 M 1,6-AFP (pH 8) 的电池循环表现
“在实验测试99天之后,通过核磁及电化学手段并没有观察到任何化学分解。该液流电池具有极低的容量衰减(0.0015%每天),在长时间充放电的状态下,仅表现出每年0.5%的衰减。”王盼说。
研究人员表示,这是目前所有报道中,水系有机液流电池低衰减的新纪录保持者,在水系储能系统中具有重要应用价值。
来源:科技日报 文中图片由西湖大学提供
来源: 科技日报
新纪录!西湖大学利用氨基酸实现高储能
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生物化学与分子生物学:蛋白质主要由碳、氢、氧、氮、硫组成,有些蛋白质还含有少量磷或金属元素铁、铜、锌、锰、钴、钼,个别还含有碘。各种蛋白质的含氮量很接近,平均为16%。
氨基酸根据其侧链的结构和理化性质可分为五类:非极性脂肪族氨基酸、极性中性氨基酸、芳香族氨基酸、酸性氨基酸、碱性氨基酸。非极性脂肪族氨基酸:甘氨酸、丙氨酸、缬氨酸、亮氨酸、异亮氨酸、脯氨酸、甲硫氨酸;极性中性氨基酸:丝氨酸、半胱氨酸、天冬酰胺、谷氨酰胺、苏氨酸;含芳香环的氨基酸:苯丙氨酸、酪氨酸、色氨酸;酸性氨基酸:天门冬氨酸、谷氨酸、;碱性氨基酸;精氨酸、赖氨酸、组氨酸。
在某一PH的溶液中,氨基酸解离成阳离子和阴离子的趋势及程度相等,成为兼性离子,呈电中性,此时溶液的PH称为该氨基酸的等电点。
含共轭双键的氨基酸具有紫外线吸收性质。
茚三酮反应是指茚三酮水合物在弱酸性溶液中与氨基酸共加热时,氨基酸被氧化脱氨、脱羧,而茚三酮水合物被还原,其还原物可与氨基酸加热分解产生的氨结合,再与另一份子茚三酮缩合成为蓝紫色化合物,此化合物最大吸收峰在570nm波长处。由于此吸收峰值的大小与氨基酸释放出来的氨量成正比,因此可作为氨基酸定量分析方法。
由2-20个氨基酸相连成的肽成为寡肽,而更多的氨基酸相连成的肽称为多肽。多肽链有两端,其游离a-氨基的一端称为氨基末端或N-端,游离a-羧基的一端称为羧基末端或C-端。肽链中的氨基酸分子因脱水缩合而基团不全,成为氨基酸残基。
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