1.微冻贮藏与菠菜冻藏相似，在风障北侧建半地下式冻藏窖。窖宽200厘米左右，四周建有高100厘米、厚50～70厘米的土墙。在培土建南墙时，在墙中间每隔80～100厘米立一根直径为15厘米左右的木杆，墙建成后拔出木杆，即形成一排垂直的通风筒；再在通风筒的底部横穿窖底挖宽为25～30厘米的通风沟，加上北墙贴地面挖的进风口，构成L形的通风系统。在通风沟上铺一层秫秸、再铺一层细土，就可把成捆（每捆10千克左右）芹菜根向下地斜放入窖内，装满后在其上面盖一层细土，使叶片似露非露。随气温下降可逐渐增加覆盖的土层，其厚度约15厘米左右。气温在-10℃以上时，敞开通风系统；到了-10℃以下时，堵塞北墙外的进风口，通过调控使沟温维持在-1～-2℃，这时菜叶间可呈现出白露，而叶柄和根部不结冻。需要上市时，可从窖中取出，先放在0～2℃的环境下面缓慢解冻，待恢复新鲜状态即可整修上市；或在出窖前5～6天拔去南侧遮荫障，而改设在北面，其上覆盖薄膜。待土化冻后一层层地铲去，最后留一层薄土保护芹菜，使之缓慢解冻。后一种方法损耗小，效果较好。
2.假植贮藏北方地区普遍采用此法贮藏。先挖宽、深各为70～150厘米的假植沟，再把芹菜连根带土铲下，以单、双株或成簇假植在沟内。株、行之间应适当留有通风空隙，以便通风散热。还可每隔100厘米左右，在芹菜间横架一束秫秸，或在沟帮两侧按适当距离挖通风道。假植后要灌水浸没根部，以后根据土壤墒情可适时灌水。覆盖物与菜间应保持一定空隙或在沟顶作稀疏棚盖，以便投入一些散射阳光而进行微弱的光合作用。在整个贮期，沟温应维持在0℃左右。
3.冷库贮藏一般采取自发气调法贮藏，库温控制在0℃、相对温度保持在95%以上，具体方法可参见菠菜冷库贮藏。采用此法本芹可贮藏1个多月；西芹的耐贮性更强，在相同的条件下可贮2个来月。
4.运输及包装芹菜的运输多为公路或铁路。应采用保温车，在适宜的温、湿度条件下运输。芹菜植株长而脆嫩，易折断造成机械伤害，要求采用较长型的竹筐包装，严防挤压。
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