香瓜枯萎病的防治：应加强栽培管理为主，以轮作倒茬，选用抗病品种，合理灌水为中心，药剂防治为辅助的综合防治。
播种前种子应进行清毒，可用40%甲醛配制150倍液浸种30分种或以种子重量的0.2-0.3%的敌克松或多菌灵拌种。加强栽培管理，严禁浸灌和串灌，合理搭配肥料，可以增强植株抗病性。
药剂防治：播种前重病可穴施药土，药土比例为1:100，在穴内下铺、上盖然后覆土。药剂可选用向农4号或50%甲基托布津；发病初期，发现零星病株时，可选用安枯克、多菌灵或敌克松500-1000倍液进行灌根，每株2-3两水。
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