西瓜的病害主要有猝倒病、立枯病、枯萎病、白粉病及炭疽病等。如果患猝倒病和立枯病，可用多菌灵和绿亨一号进行苗床消毒；若患枯萎病，可用15％的西瓜重茬剂一号300～350倍液灌根，每次0.5公斤。在西瓜定植后有3～4片真叶时用药，防治效果较好。若患白粉病和炭疽病，可用百菌清、托布津、粉锈灵等喷施，交替喷施效果较好。
西瓜的虫害主要有盲椿象、蚜虫、瓢虫、根蛆及红蜘蛛等，药剂可选用敌敌畏、敌杀死等。根蛆可用敌百虫灌根，蚜虫可安装杀虫灯和黄板诱杀。
现在根结线虫非常严重。根结线虫主要在苗期对西瓜植株进行危害。所以苗床地一定要选择无根结线虫的地块。在西瓜幼苗定植以后若发现根结线虫，可用阿维菌素类药剂如1％的螨虫清2000倍液、1.8％的阿巴丁3000倍液进行灌根。大田可以在整地的时候用辛硫磷、二嗪磷、毒死蜱等药剂撒施。
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