复合肥：见效时间快，肥效持效期不如有机肥，使用方便，养分含量高，但养分比例固定且不全面，使用后容易破坏土壤酸碱平衡。
有机肥：见效时间慢，肥效持效期长，使用较为麻烦，养分含量较低，但养分全面，使用后可以改良土壤，提高土壤保水、保肥、透气性能
一、生效速度及肥效时长
1、复合肥一般在施加后10天左右见效，肥效持续期较长，大约为60-90天左右。
2、有机肥一般在施加后30天左右见效，肥效持续期长，大约为6-8个月左右。
二、使用方便程度
复合肥一般无需经过任何处理就可以直接使用鹅，而有机肥在使用之前，一般需要经过腐熟发酵处理，将混杂其中的病菌及虫卵灭杀干净后方能使用，若未经过腐熟发酵处理就立即使用，不仅容易传播病虫害，同时肥料在适宜环境下会进行发酵，从而产生大量的热量，并大量消耗土壤中的氧气，从而导致烧根、烧苗现象发生。
三、养分
1、复合肥养分含量较高（其中高浓度复合肥养分总含量在40%及以上，中浓度复合肥养分总含量为30-40%左右，低浓度复合肥养分总含量为25-30%左右），但是养分比例固定且不全面。
2、有机肥养分含量较低，但是养分较为全面，含有丰富的有机物以及各种营养元素。
四、对于土壤的影响
1、复合肥长期使用后，容易破坏土壤酸碱平衡。
2、有机肥和土壤环境有很好的相容性，不会对土壤造成污染，并且有机肥能够对土壤进行改良，帮助形成稳定的团粒结构，活化土壤中的有益微生物（比如固氮菌、氨化菌、纤维素分解菌、硝化菌等），提高土壤的吸收性能、缓冲性能和抗逆性能。除此之外，有机肥还能提高土壤保水、保肥、透气性能以及调节土壤温度的能力。
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