因地制宜：硫高的土壤和锈水田能杀死病菌，因此不用施生物菌肥，翻浆的水田采用喷雾的方式即可。
因温制宜：菌肥低于5℃或高于45℃时效果较差，对于干旱的地块不宜使用。
因量制宜：多年施用化肥的田块不宜骤减化肥和有机肥的使用，可逐年递减。
因时制宜：在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7-10天施用效果最佳。
一、菌肥施用注意事项
1、因地制宜
对含硫高的土壤和锈水田，不宜施用生物菌肥，由于硫能杀死生物菌。对于翻浆的水田，通常不用撒施，用喷雾的方式效果更明显。
2、因温制宜
施用菌肥的温度是25℃～37℃，低于5℃，高于45℃，施用效果较差。对高温、低温、干旱条件下的农作物田块不宜施用。同时还应掌握固氮菌适宜土壤的含水量是60％～70％。
3、因混制宜
应注意，不应将菌肥与剂、杀虫剂、除草剂和含硫的化肥（如硫酸钾等）以及稻草灰混合用，由于这些药、肥非常容易杀死生物菌。或者先施菌肥，隔48小时后，再打药除草。若拌种，切忌和已拌好剂的种子混合使用。还应避免与未腐熟的农家肥混肥。
4、因量制宜
对于多年来施用化肥的田块，施用生物菌肥时不可大量减施化肥和有机肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物菌肥取代氮肥不能一下子适应，因此，其取代量应做到、第二、第三年分别取代30％、40％和60％，磷、钾肥只能补足，不可减少。
5、因时制宜
生物菌肥不是肥，在作物的营养临界期和营养大量吸收期前7～10天施用，效果。
二、菌肥的执行标准
1、微生物接种剂（农用微生物菌剂）：液体大于等于2亿每毫升，粉剂大于等于2亿每克，颗粒大于等于1亿每克。
2、复合微生物肥料：液体大于等于0.5亿每毫升，粉剂大于等于0.2亿每克，颗粒大于等于0.2亿每克。
3、生物有机肥：有效活菌数大于等于0.2亿每克。
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