根据实际生产经验，农民朋友之所以使用生物有机肥效果不佳，原因很多，在此分两大类，第一类是肥料的原因，第二类是使用方面原因。
肥料本身问题
养分不足
生产工艺简陋
腐植酸含量不够
新鲜原料几乎不含有腐植酸，腐植酸是在有机肥发酵过程中不断产生的，以高温发酵（大于50℃）尤为明显。腐植酸可提高作物抗逆性，促产，促萌发。
重金属含量超标
重金属会在土壤中积累，最终通过食物链集中到人身上，对人造成伤害。同时重金属也会对农作物的生长造成损害。有些肥料本身就含有大量的重金属，一旦施入土壤中，就会造成土壤的重金属污染。
使用方法问题
通常情况下农民朋友在购买农资时买信得过的肥料，是不会有问题的。所以，在此前提下，生物有机肥肥效的高低关键就在于肥料的使用方法。
因地制宜
对于含硫高的土壤，不宜施用生物有机肥，因为硫能杀死生物菌；对于翻浆的水田，一般不宜撒施，用喷雾的方法效果更明显；另外生物有机肥施入土层不宜过深，一般施在地表下10-15厘米处最佳；当土壤过分干燥时，应及时灌浇，大雨过后要及时排除田间积水，提高土壤的通透性。
因温制宜
施用生物有机肥的最佳温度是25℃-37℃，低于5℃或高于45℃，施用效果较差。不建议在高温、低温、干旱条件下施肥；同时还应掌握固氮菌最适宜土壤的含水量是60％-70％。
因混制宜
不应将生物有机肥与杀菌剂、杀虫剂、除草剂以及稻草灰混合使用，应至少隔48小时，因为这些药、肥很容易杀死生物菌。
因量制宜
对于多年来施用化肥的田块，施用生物有机肥时不能大量减施化肥，因农作物对化肥产生了依赖性，用生物有机肥取代氮肥，农作物不能一下子适应，因此，其取代量应做到第一、第二、第三年分别取代30％、40％和60％，磷、钾肥只能补足，不能减少。
最后的最后，关于如何保存。
避免开袋后长期不用，肥料买回家后尽快施到地里，开袋后尽量一次用完，因为包装袋打开后其它细菌就可能浸入袋内，使微生物菌群发生改变，影响其使用效果。
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