小米椒的常见的病害有猝倒病、根腐病、青枯病、病毒病、疫病、白粉病、炭疽病等。其中猝倒病可用“苗迎春”3000倍（5ml/15千克）＋72.2%霜霉威盐酸盐1500倍（10ml/15千克）＋70%吡虫啉5000倍（3克/15千克），灌根或者喷雾防治。根腐病发病初期可选用二氯异氰尿酸钠等药剂进行防治。
一、猝倒病
1、小米椒的猝倒病主要是幼苗子叶期或真叶还没有展开之前受到侵染，幼苗出土后，在茎基部近地面出现水渍状病斑，逐渐变黄、缢缩、凹陷，叶子未凋萎即猝倒，用手轻提极易从病斑处脱落，潮湿时病部可见白色棉毛状霉层。
2、防治方法：采用“苗迎春”3000倍（5ml/15千克）＋72.2%霜霉威盐酸盐1500倍（10ml/15千克）＋70%吡虫啉5000倍（3克/15千克），灌根或者喷雾防治。
二、根腐病
1、根腐病的症状是病株茎基部还有根部皮层变为褐色至深褐色、湿腐状，手触病根皮层脱落或剥离露出暗色木质部，一般植株会发育不良、矮小。
2、防治方法：发病初期可选用二氯异氰尿酸钠；百菌清；福美双，或苯醚甲环唑等药剂进行防治。
三、青枯病
1、青枯病的症状是叶片自下而上逐渐变黄，大量脱落，或是地面接触处茎基部皮层呈水浸状腐烂，地上部茎叶迅速凋萎。
2、防治方法：使用“苗迎春”3000倍（5ml/15千克）＋72.2%硫酸农用链霉素3000倍（5ml/15千克），苗定植7天后进行灌根防治。
四、病毒病
1、病毒病常见的症状有花叶皱缩或褐色坏死，出现系统性坏死条斑，果实上呈现深绿和浅绿相间的花斑。
2、防治方法：一般选用病毒散20%吗啉胍、乙酸铜750倍（20克/15千克）＋70%吡虫啉5000倍（3克/15千克）＋雷力2000（1000倍）或极可善600倍进行喷洒。
五、疫病
发生疫病时，要及时做好排水工作，可采用美邦58%甲霜灵、猛锌600倍（25克/15千克），萨帕25%甲霜灵、霜脲氰600倍（25克/15千克），克拉斯65%多抗等药物进行治疗，在幼苗期，成熟期和结果期均有发病，一般是茎基部出现褐色缢缩。
六、白粉病
1、白粉病主要发生在叶片，初期在正面或背面长出圆形白色粉点，逐渐扩大连成大片粉斑，后期整个叶片布满白粉，最后导致叶片大量脱落。
2、防治方法：一般采用百菌清、己唑醇或吡唑醚菌酯进行防治。
七、炭疽病
炭疽病的后果是造成大量落叶烂果，可采用世蓝30%苯醚甲环唑（5克/15千克），45%咪酰胺2000倍（7.5ml/15千克），美邦50%甲托悬浮剂600倍（25ml/15千克）进行防治。
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