水稻”三系”育种的杂交优势如下：
根系发达且吸肥力强。根系根数多，粗壮、活力强、功能旺盛、伸长速度快，在土壤中能深扎、分布广，对氮磷钾的吸收能力强，运转协调。由于根扎得深能抗倒，且不易早衰，对后期籽粒的充实饱满起到很好的作用。
分蘖早、分蘖快、分蘖力强。在幼苗期较耐低温，3叶期开始分蘖，7叶期能达到5个分蘖，移植后前期的分蘖不易死亡。
叶片厚且长，叶绿素含量高，叶片浓绿，叶面积指数大，齐穗期达7-8。叶光合作用强度较高，呼吸强度较弱，消耗能量少，干物质积累多。
茎秆粗壮，叶鞘大，植株较高大，能积累较多的养分，为穗大粒多提供较充足的养料。
穗大粒多粒重。杂交水稻的穗枝梗及颖花退化率低，主穗与分蘖穗的差别不大。每穗百粒左右，结实率达85%以上，籽粒饱满，千粒重超过亲本，出米率较高，米质较好。
适应性强。具有耐肥、耐瘠、耐低温、耐早等优点。无论山区、平原、丘陵、沙田、粘出、肥田、瘦田都适宜种植，均表现增产，而且潜力很大。
所谓”三系”是指水稻中的雄性不育系、雄性不育保持系、雄性不育恢复系的总称。不孕的花粉是不育的，不能自花授粉而结实的保持系统和恢复系的花粉健康，可以进行自花授粉而结实。
繁种田的生产任务：是繁殖扩大不育系的种子。就是把不育系作为母本，保持系作为父本，在一块田里按一定行数比例，如以10：2的行数比相间种植，让其自然授粉或辅以人工授粉，使保持系的花粉授于不育系，不育系就可结出种子。收得的不育系种子，除了用作继续繁殖下一代不育系的种子外，大部分用来配制杂交一代种子供生产之用。保持系植株上结出的种子仍然是保持系种子，经过除杂留种仍作为下代繁殖不育系的父本。这个获得不育系种子的过程叫做不育系的繁殖，也即是繁种田的生产任务。
制种田的生产任务：是制出杂交一代的种子。就是将不育系作为母本，恢复系作为父本，在田间按一定的行数比例，如以10：2相间种植，让其自然或人工辅助授粉，恢复系的花粉被赋予不育系，不育系产生的种子是杂交种后代，可用于田间生产。在恢复系结出的种子仍然是恢复系种子，经除杂留种仍作为下一代制种的父本。这个获得杂交一代种子的过程叫制种。
配制出来供生产用的杂交一代种子，在生产上能否表现增产优势，关键在不育系、保持系和恢复系原种的纯度，共各自的纯度必须达99.5%。为了达到纯度高，必须注意以下问题：
（1）繁种出周围要严格安排好不种稻的隔离区。这个隔离区的宽度要达100米以上，隔离区内可种其他作物，隔离区外的水稻，其齐穗时间应距离繁种田齐穗期有20天以上。
（2）繁种田的前作，一般不要种常规稻，只能种保持系或其他作物。如果繁种田的前作是常规稻，必须有10天以上返田时间，清除前作稻残留的继生植株。
（3）在育秧时，不育系与保持系要分田播种，防止混杂。
（4）保持系的秧用，当造不宣制种。如果要繁种必须把秧出中的残留秧苗拾干净，以免混杂。
（5）繁种时父母本之间要保持一定距离，留工作行23-26厘米，先插父本，清净残株及浮秧之后再插母本。
（6）在本田的生育过程中，做好父本与母本的四次除杂工作。
封行前叶片与叶鞘色泽不同的植株要拔掉；抽穗前比母本苗或父本苗高的植株要拔掉；母本苗，抽穗后花丝长，花粉多且带金黄色的植株要除掉；灌浆成熟后，在不育系的禾苗中发现有全穗结实的非不育系植株要全部除掉。
（7）收割时先割父本后割母本，父本割后要检净残留落穗才割母本。收割的工具、晒场、谷箩、种子袋等要清净。
（8）保持系、恢复系的繁种要独立田块单株繁殖，互相之间应保持100米远的隔离。
（9）种子袋要专用，每包要有内外标签，注明品种名称及制种繁种人员及种子纯度与净度。
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